


Al igual que varios otros programas de sábado por la mañana, Scooby-Doo ha sido acusado de tener temas escondidos, en este caso relacionados con el sexo y el uso de drogas. Estas suposiciones son representadas a través de parodias hechas por comediantes, músicos y productores.

El uso de drogas es el tema más usado, especialmente para explicar los orígenes beatnik de Shaggy. Él y Scooby-Doo son mostrados como personajes de gran apetito, que ha sido interpretado como consecuencia del consumo de marihuana. Algunas parodias muestran que las "Scooby galletas" contienen drogas en vez de ingredientes de comida para perro. Las referencias más directas a la teoría de las drogas fueron producidas por los propios Warner Bros. y Cartoon Network.

Otras teorías incluyen actividades sexuales entre los personajes de Scooby-Doo. Mientras trabajaban en la serie original, Joe Ruby y Ken Spears escribían repetidamente la misma rutina, Fred y Daphne desaparecían durante algunos minutos para poder enfocarse en sus "comediantes": Shaggy, Scooby y Vilma. Como resultado, Fred y Daphne se pierden de la mayoría de la acción en los episodios, llevando a la suposición de que están teniendo sexo en vez de buscar pistas.
